鲍曼不动杆菌生物膜合成相关基因序列分析及PCR检测方法的建立
目的 获得鲍曼不动杆菌生物膜合成相关基因bfs(biofilm synthesis gene)生物信息学分析结果,建立基于生物膜合成相关基因PCR检测鲍曼不动杆菌(Acinetobacter baumannil).方法以NCBI/Blast,NCBI/Cds软件搜索与鲍曼不动杆菌bfs基因高度同源的基因序列及其内部存在的保守功能结构域;采用TMHMM-Server 2.0预测所编码蛋白跨膜区结构;使用DNASTAR软件进行核苷酸多重序列比对.根据参考序列设计引物,采用PCR扩增ATCC 19606株鲍曼不动杆菌全长bfs基因片段并测序.在最佳扩增条件下,以不同浓度的鲍曼不动杆菌及大肠杆菌、铜绿假单胞菌、表面葡萄球菌、金黄色葡萄球菌等常见院感细菌基因组DNA为模板,对基于bfs基因PCR检测鲍曼不动杆菌的特异性、敏感性和重复性进行验证.通过对11株临床分离鲍曼不动杆菌菌株的检测,进一步分析基于该基因的PCR检测效果.结果鲍曼不动杆菌ATCCl7978株,ACICU株,S1株,AB307-0294株,AB0057株中均存在与ATCC 19606株中bfs基因高度同源的序列,相似度分别达到:98%,98%,97%,97%,97%.该蛋白中存在两个跨膜区,含有与生物膜形成相关的hmsS超家族保守功能结构域.与报道的序列(GenBank accession No:NZ_GG704572)比较,所克隆的bfs基因核苷酸和氨基酸序列相似性都为100%.所建立的基于生物膜合成相关基冈PCR仅对鲍曼不动杆菌DNA模板呈阳性扩增结果,其检测灵敏度可达10cfu/ml.对临床分离菌株的检测与临床生化鉴定结果-致.结论鲍曼不动杆菌生物膜合成相关基因bfs保守存在于各株鲍曼不动杆菌中,其编码蛋白为膜蛋白与生物膜形成有密切关系.所建立的基于鲍曼不动杆菌bfs基冈PCR具有特异、敏感、稳定等优点,可有效用于临床实验室进行鲍曼不动杆菌引起呼吸道感染的快速诊断以及各种医疗器械带菌状况的检测.
- 作者：
- 朱一凡；梅玲玲；倪娜；张磊；潘协商；魏兰芬
- 作者单位：
- 杭州市第三人民医院；浙江省疾病预防控制中心
- 母体文献：
- 中华预防医学会消毒分会2010学术年会论文集
- 会议名称：
- 中华预防医学会消毒分会2010学术年会
- 会议时间：
- 2010年
- 会议地点：
- 青岛
- 主办单位：
- 中华预防医学会
- 中图分类号：
- R372
- 关键词：
- 鲍曼不动杆菌；生物膜合成相关基因；生物信息学分析；PCR检测方法
- 鲍曼不动杆菌；生物信息学分析；膜合成；基因序列分析；检测灵敏度；相关基因；功能结构域；金黄色葡萄球菌；临床分离；编码蛋白；铜绿假单胞菌；膜形成；扩增；跨膜区；核苷酸；多重序列比对；序列相似性；细菌基因组；临床实验室；呼吸道感染