云南不同地方猪种微卫星DNA多态性研究
Study on Microsatellite DNA Polymorphism in Different Yunnan indigenous Pig Breeds
本文选择联合国粮农组织(FAO)和国际动物遗传学会(ISAG)联合推荐的27对微卫星DNA引物中的13对,检测了迪庆藏猪、撒坝猪和滇南小耳猪3个云南不同地方猪种共计233个个体的基因型.通过计算基因频率、基因型频率、遗传杂合度、多态信息含量、有效等位基因数、奈氏遗传距离和标准奈氏遗传距离、采用邻近结合法和非加权类平均法进行聚类,分析了3个云南地方猪种的群体内和群体间的遗传变异,得出如下结果: 1.云南地方猪种的遗传基础丰富,3个猪种在13个微卫星座位上共检测到102个复等位基因(4~14),平均7.8个;Nei氏有效等位基因数54.0250个(1.9850~7.2715个),平均4.1558个;并拥有15个特有等位基因及相当数量的优势等位基因. 2.三个猪种的遗传多样性较为丰富,3个猪种13个位点的平均多态信息含量(PIC)为0.6777(0.3731~0.8497),高度多态位点占92.3077%,平均观察值杂合度0.5923(0.2571~0.8130),平均期望值杂合度0.7335(0.5017~0.8720),Nei氏期望值杂合度平均为0.7234(0.4962~0.8625),平均遗传杂合度的平均值为0.6110(0.3741~0.8166). 3.迪庆藏猪和滇南小耳猪的遗传距离较近,和撒坝猪较远,在猪种的起源与分化上,迪庆藏猪和滇南小耳猪有相似的血缘基础,和撒坝猪则相差较大,在聚类时迪庆藏猪和滇南小耳猪先聚为一类,最后再和撒坝猪聚在一起. 4.猪种间,迪庆藏猪、撒坝猪和滇南小耳猪的等位基因数依次为73(2~12)、89(3~14)和83(3~13),Nei氏有效等位基因数依次为43.4399(1.9122~6.2222)、36.3713(1.2929~5.5652)和43.5266(1.5500~6.4748),多态信息含量依次为0.6024(0.3633~0.8188)、0.5086(0.2146~0.7951)和0.5737(0.3711~0.8765),平均遗传杂合度依次为0.6110(0.3741~0.8166)、0.6110(0.3741~0.8166)和0.6307(0.4793~0.8166),Nei氏有效等位基因数、多态信息含量和杂合度均以迪庆藏猪和滇南小耳猪较高,在这两个猪种中,多数指标又以迪庆藏猪为高,说明迪庆藏猪的基因杂合度、遗传多样性水平和选择潜力要高于滇南小耳猪和撒坝猪,滇南小耳猪和撒坝猪相比,仅在Nei氏有效等位基因数和多态信息含量两个指标上差别明显,揭示三个猪种已经发生了程度不等的基因漂变,以撒坝猪较为严重,分析原因可能有以下几点:(1)撒坝猪和滇南小耳猪都经过系统选育.(2)本次采样撒坝猪采自保种场,滇南小耳猪和迪庆藏猪分别采自保护区的2个和4个乡镇.(3)撒坝猪从89年保种至今已经过17年的选育,其间发生近交并导致遗传漂变在所难免.??
- 作者：
- 严达伟
- 学位授予单位：
- 云南农业大学
- 专业名称：
- 农业推广
- 授予学位：
- 硕士
- 学位年度：
- 2006年
- 导师姓名：
- 连林生
- 关键词：
- 地方猪种；遗传多样性；微卫星DNA
- indigenous pig；genetic diversity；microsatellite