乌骨绵羊酪氨酸酶基因组(TYR)的克隆及其启动子多态性分析
Cloning of the Tyrosinase Genome and Analysis of Promoter Region Polymorphism from Black-Boned Sheep (Ovis aries)
本研究以兰坪本地绵羊(108只)、罗姆尼绵羊(84只),和兰坪乌骨绵羊(105只)为研究对象,克隆绵羊和乌骨绵羊酪氨酸酶基因(TYR)内含子和启动子序列,建立绵羊酪氨酸酶基因的PCR-RFLP分子标记,并检测在3个绵羊群体的基因频率和基因型频率.结果表明: (1)通过对酪氨酸酶基因3个内含子设计了35对引物进行PCR扩增、回收、克隆和拼接,成功获得绵羊TYR基因第一和二内含子的全长序列(9528bp和34503bp)和部分第三内含子序列2008bp.在第一和二内含子内没有发现长片段插入或缺失多态. (2)通过设计2对特异引物进行PCR扩增,获得了绵羊 TYR基因690bp的部分启动子区序列并找到了8个调控元件:在-35bp到-43bp处,发现起始子(initiation)序列,其序列结构为CCATTAACC;在-67bp到-76bp处找到AP-2(Apetala 2)位点,其序列结构为TGAGTGGGGA;在-85bp到-90bp处,发现E-box结构,其序列结构为CATGTG;在-103bp到-110bp处找到了TATA盒结构,其序列结构为TATATAGA;在-174bp到-184bp处找到了M-box结构,其序列结构为AGTCATGTGGT;在-197bp到-204bp处找到了CAAT框结构,其序列结构为GCCAACTC;在-353bp到-362bp处找到了八聚体框结构(Oct-1),其序列结构为ATTTTCAAAT;-430bp到-436bp处找到了YY1(Ying yang 1)位点,其序列结构为CCATCTT. (3)在部分启动子区域内发现了6个单核苷酸多态性位点(SNPs),分别是-592 A>G、-488 G>A、-409 T>G、-83 C>T、-40T>C和-8 G>C位点.其中-40T>C位点位于调控元件起始子内. (4)针对在启动子区起始子调控元件(-35--43bp)内发现的一个-40T>C多态位点,用Tru9Ι限制性内切酶建立了PCR-RFLP 的分子标记,乌骨绵羊TT、TC和CC三种基因型频率为64%、5.33%和30.67%,T和C等位基因频率为0.6667和0.3333;兰坪本地绵羊TT、TC和CC三种基因型频率为67.90%、3.70%和28.40%,T和C等位基因频率为0.6975和0.3676;罗姆尼绵羊TT、TC和CC三种基因型频率为24.49%、2.04%和73.47%,T和C等位基因频率为0.2551和0.7449,三种绵羊群体都处于Hardy-Weinberg 不平衡状态(P>0.05).罗姆尼绵羊杂合度、有效等位基因数和多态信息含量比乌骨绵羊、兰坪本地绵羊低;乌骨绵羊、兰坪本地绵羊和罗姆尼绵羊群体的PIC都表现为中度多态. (5)通过启动子区-40T>C多态性位点与乌质性状相关分析研究表明TYR基因-40T>C位点对乌骨绵羊乌质性状没有显著影响(P>0.05).??
- 作者：
- 刘丽
- 学位授予单位：
- 云南农业大学
- 专业名称：
- 动物营养与饲料科学
- 授予学位：
- 硕士
- 学位年度：
- 2010年
- 导师姓名：
- 邓卫东
- 关键词：
- 乌骨绵羊；酪氨酸酶基因组；分子特征
- Black-boned sheep；Tyrosinase genome；molecular characteristics