新疆集约化牛场肺炎克雷伯菌分子流行病学调查及耐药特性研究
肺炎克雷伯菌是重要的人畜共患病原菌,牛感染后会引起乳房炎、肠炎和呼吸道疾病综合征等,给养牛业带来一定的经济损失。为调查新疆地区犊牛肺炎克雷伯菌感染情况及其耐药特性,本研究在2020年3月～2020年12月采集了新疆14个集约化牛场犊牛的鼻拭子与肛拭子,通过PCR方法扩增肺炎克雷伯菌的特异性基因khe,进行肺炎克雷伯菌分子流行病学调查,阳性样品进行细菌分离培养获得肺炎克雷伯菌株;分离株通过PCR鉴定、全基因组测序确定其血清型与ST分型,通过PCR方法检测分析肺炎克雷伯菌16个毒力基因的携带分布情况;微量肉汤稀释法检测分离株对20种临床常用抗生素的敏感性,并通过PCR方法分析其24种耐药基因的携带情况。结果显示:1.在新疆14个集约化牛场采集了犊牛495份鼻拭子样本、527份肛拭子样本,以肺炎克雷伯菌khe基因引物进行PCR扩增,鼻拭子样本中检出57份含有khe基因样本,检出率为11.52%（57/495）,肛拭子中检出150份,检出率为28.46%（150/527）;含有khe基因阳性样本经细菌分离培养、16S r RNA与khe基因的PCR鉴定,获得122株肺炎克雷伯菌分离株。2.选取53株肺炎克雷伯菌分离株采用PCR方法进行荚膜血清型鉴定、毒力基因鉴定。结果显示:5株分离株中检测出三种荚膜血清型,分别为K2型2株、K5型1株、K54型2株;在分离株中,肺炎克雷伯菌的16种毒力基因中检测到11种毒力基因,分别为wab G、uge、fim H、mrk D、ent B、ybt A、kfu、iut A、icu B、ure A、all S;40株分离株经MLST鉴定,其中33株分离株成功比对到ST型,总共检出23种ST型,7株未定型。ST14型、ST35型与ST2140型为优势ST型。3.药敏试验及耐药基因检测发现,40株分离株均对碳青霉烯类、氨基糖苷类（阿米卡星）、多肽类抗生素表现为不同程度的敏感,其中33株菌对青霉素类、头孢类、喹诺酮类、氨基糖苷类（卡那霉素、庆大霉素）、四环素类、磺胺类抗生素呈现出不同程度的耐药,耐药率为5.00%～60.00%。多重耐药菌株在分离株中占比为50.00%。24种耐药基因中有8种耐药基因被检测到,为SHV、gyrA、par C、oqx A、oqx B、Sul 1、Sul 2、Acr AB。其中gyrA基因与Acr AB基因的检出率最高,为100.00%,统计发现分离株最少携带2种耐药基因。结论:从新疆地区集约化牛场采集的犊牛呼吸道、消化道的样本中均检测出肺炎克雷伯菌,检出率为11.52%和28.46%。分离株至少存在三种荚膜血清型及11种毒力基因。经MLST鉴定出23种ST型,呈现ST型的高度多样性。药敏试验及耐药基因检测发现在抽样的集约化牛场中存在多种耐药基因、多重耐药的现象,提示新疆地区集约化牛场流行的肺炎克雷伯菌ST型多样性丰富、耐药性较强。本研究为该地区犊牛肺炎克雷伯菌病的防治提供了理论依据。
- 作者：
- 王哲红
- 学位授予单位：
- 塔里木大学
- 授予学位：
- 硕士
- 学位年度：
- 2021年
- 导师姓名：
- 胡建军；黄新
- 中图分类号：
- S858.23
- 关键词：
- 犊牛；PCR；khe基因；毒力基因；多位点序列分型；耐药基因
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- 基金项目：
- 兵团重点领域科技攻关项目“兵团牛羊集约化养殖场幼畜高发疫病病原库建立”项目编号:2019AB029,课题主持人:黄新副研究员%兵团国际科技合作计划项目“集约化牛羊养殖合理用药与安全评价关键技术研究”项目编号:2019BC004,课题主持人:张星星助理研究员%兵团区域创新引导计划“犊牛高发细菌性疫病疫苗候选菌株筛选及其灭活疫苗研究”（项目编号:2018BB036）,课题主持人:韩猛立副研究员（新疆农垦科学院）%兵团现代农业科技攻关与成果转化计划项目“规模化奶牛场犊牛主要呼吸道疫病流行病学调查及控制技术集成”（项目编号:2016AC012）课题主持人:胡建军教授（塔里木大学）