巴克夏猪、霍寿黑猪mtDNA遗传多样性和系统进化分析及霍寿黑猪肉品质分析
为从分子水平上了解巴克夏猪和霍寿黑猪遗传多样性和系统进化关系。本实验对31个巴克夏猪样本和47个霍寿黑猪样本提取基因组总DNA,利用特异性引物扩增出巴克夏猪和霍寿黑猪mtDNAD-loop区、Cytb和COX1基因目的条带,对测序结果进行分析,同时从NCBI下载其它国内外猪种mtDNA信息,分析巴克夏猪和霍寿黑猪的系统进化关系;测定霍寿黑猪常规肉品质,得出以下结果:（1）巴克夏猪遗传多样性和系统进化分析由巴克夏猪D-loop区、Cytb和COX1基因的分析可知,碱基A+T含量分别为 56.7%、58.2%和 58.2%,G+C 的含量分别为 43.3%、41.8%和 41.8%,A+T 高于G+C,其中A的含量最高,G的含量最低,符合哺乳动物mtDNA组成特点,D-loop区存在20-29次不等重复次数的串联重复序列TACACGTGCG。巴克夏猪mtDNA三个基因只有Cytb基因发现一个变异位点为A→G转换,存在2种单倍型,核苷酸多样性和单倍型多样性分别为0.00030±0.00008、0.34±0.090,此结果表明,本实验研究的巴克夏猪mtDNA的变异程度较低,遗传多样性较匮乏。从中性检验和错配分布曲线分析可知,本实验巴克夏猪群体近期未经历种群扩张。从聚类分析可知,巴克夏猪与中国地方猪种聚为一支,而没有与汉普夏、杜洛克等国外猪种聚为一支,这与巴克夏猪种在培育过程中引入了中国地方猪种血统的结果一致,与其它国外猪种如皮特兰、汉普夏和杜洛克相比较,巴克夏猪与中国地方猪种的平均遗传距离较近。（2）霍寿黑猪遗传多样性和系统进化分析由霍寿黑猪D-loop区、Cytb和COX1基因的分析可知,碱基A+T含量分别为 56.8%、57.6%和 58.2%,G+C 的含量分别为 43.2%、42.4%和 41.8%,A+T 高于G+C,其中A的含量最高,G的含量最低,符合哺乳动物mtDNA组成特点,D-loop区存在3-27不等重复次数的的串联重复片段ACGTGCGTAC。D-loop区发现2个变异位点为C→T和T→C转换,Cytb基因发现1个变异位点为C→T转换,都只存在2种单倍型,核苷酸多样性和单倍型多样性分别为0.00018±0.00012、0.00007±0.0005和0.083±0.054、0.082±0.053,此结果表明,本实验研究的霍寿黑猪mtDNA的变异程度较低,遗传多样性较匮乏。从中性检验和错配分布曲线分析可知,本实验霍寿黑猪群体近期未经历种群扩张。从聚类分析可知,本实验研究的霍寿黑猪与从NCBI下载的18个地方猪种聚类关系较近,平均遗传距离较小。（3）霍寿黑猪肌肉品质分析对霍寿黑猪三个部位的部分肉质性状测定可知,pH24腿肌最高,显著高于背最长肌和腰肌（P<0.05）。肉色亮度（L）背最长肌最高,显著高于腰肌和腿肌（P<0.05）,肌肉红度（a）背最长肌最低,且背最长肌、腰肌和腿肌三者之间差异均极显著（P<0.01）,不同部位肌肉黄度（b）无显著差异（P>0.05）;24h以后也以背最长肌亮度最高（L）,显著高于腰肌和腿肌（P<0.05）,红度（a）三者之间达到显著水平（P<0.05）,未达到极显著水平,黄度（b）三者之间均未达到显著水平,此结果说明背最长肌的亮度高于腰肌和腿肌,而红度却低于腰肌和腿肌。不同部位滴水损失、熟肉率和系水力之间无显著差异（P>0.05）。肌内脂肪腰肌和腿肌相接近,均显著低于背最长肌（P<0.05）。不同部位滴水损失、熟肉率和系水力之间无显著差异（P>0.05）。含水率背最长肌显著低于腰肌和腿肌（P<0.05）。
- 作者：
- 陈苗
- 学位授予单位：
- 安徽科技学院
- 授予学位：
- 硕士
- 学位年度：
- 2019年
- 导师姓名：
- 顾有方；靳二辉；许金根；高亚飞
- 中图分类号：
- S828
- 关键词：
- 巴克夏猪；霍寿黑猪；线粒体DNA；遗传多样性；系统进化；肉品质
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- 基金项目：
- 安徽省科技重大专项项目（16030701066）%安徽科技学院兽医学重点学科项目（AKZDXK2015A04）