猪UBXNI基因启动子区突变鉴定及其与系水力相关性的研究
肌肉细胞的形态与结构主要是由细胞骨架维持,对系水力的维持有着相当重要的作用.RhoA(Ras同源蛋白家族成员A)基因可以通过RhoA-ROCK信号途径影响应力纤维的形成过程和维持其稳态,影响肌动蛋白细胞骨架重组,使得细胞形态发生变化,蛋白结合水平升高,促进骨架蛋白收缩,对系水力(water holding capacity,WHC)具有潜在调节作用.另外有研究表明,UBXN1(UBX结构域包含蛋白1)作为一种泛素修饰调控蛋白,可以通过促进肌纤维蛋白质的降解进而影响到系水力.UBXN1除了包含一个UBA结构域以外,其C端还包含一个UBX结构域,此结构域与泛素具有一定的同源相似性,它可以与泛素链结合,参与介导泛素蛋白酶体途径,从而可以调节肌纤维蛋白质的降解.肌纤维蛋白的降解一方面可以减少胴体屠宰后肌肉细胞的收缩,防止过多的水分流失,另一方面降解的蛋白提供了水分储存的空间,对于系水力水平都有提高.因此本实验将RhoA和UBXN1作为候选基因,研究这两个基因启动子区域的单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)对基因表达水平以及肌肉系水力水平的影响.本实验首先选取高低组WHC样品各16个,用荧光定量PCR检测两个候选基因在系水力高低组中的表达水平,发现两个基因在系水力高低组的表达水平均有差异.再将高低组样品分别进行DNA混池,将RhoA基因和UBXN1基因启动子区2000bp序列测序,进行高低组序列对比.结果在UBXN1基因启动子区得到了在WHC高组和低组中等位基因分布模式有差异的SNP位点c.-379T>G.采用PCR-SSCP技术对170头杜长大三元杂交猪的c.-379T>G位点进行大群基因分型,经过性状关联分析后发现TT型的系水力显著高于GG型(p<0.01),随后对两组基因型各9个个体的UBXN1表达水平进行定量分析,结果发现TT基因型的UBXN1基因表达水平显著高于GG型(p<0.05).用双荧光素酶活性分析两种不同基因型的启动子活性差异,报告结果显示TT型启动子活性高于GG型,二者差异显著(p<0.05).最后我们对SNP位点c.-379T>G进行了转录因子在线预测,发现该位点的两个等位基因的转录因子结合情况不同.通过对UBXN1基因启动子区SNP的研究为提高猪肉系水力水平提供了理论参考依据.
- 作者：
- 何佳文
- 学位授予单位：
- 南京农业大学
- 专业名称：
- 动物遗传育种与繁殖
- 授予学位：
- 硕士
- 学位年度：
- 2016年
- 导师姓名：
- 陈杰
- 中图分类号：
- S828
- 关键词：
- 系水力；UBXN1；启动子；SNP；猪
- water holding capacity； UBXN1； single nucleotide polymorphism； pigs