脊尾白虾近交系遗传多样性的微卫星分析
Genetic Diversity in Inbred Lines of Exopalaemon Carinicauda Based on Microsatellite Loci
脊尾白虾(Exopalaemon carinicauda)属甲壳纲、十足目、长臂虾科、白虾属,是一种中小型底栖虾类.本研究利用脊尾白虾转录组测序数据,对脊尾白虾微卫星序列的特征进行分析;筛选获得具有遗传多态性的微卫星标记;利用具有多态性的微卫星标记对3个脊尾白虾近交系群体进行遗传多样性分析,其主要研究成果如下:1.基于转录组数据的脊尾白虾微卫星序列的简单分析本实验室对脊尾白虾眼柄和血液转录组进行了测序,选取其中微卫星序列进行拼接与筛选[1],从166,433条序列中共找到11633条微卫星序列,其中,二核苷酸的核心重复最多,约占总数的53.75%;根据微卫星核心重复序列的完美性程度进行分类,发现完美型微卫星是脊尾白虾微卫星序列中的优势类型;二核苷酸重复是比较活跃的重复类型.微卫星核心重复序列的长短与其重复次数呈负相关.2.脊尾白虾微卫星标记的分离及评价本研究通过转录组数据开发脊尾白虾的微卫星标记,参照微卫星侧翼序列设计引物,筛选出多态性微卫星引物.本实验中,自行设计了241对微卫星引物,具有多态性的有33对.33个位点,平均等位基因数为6.70(3~11),平均观测杂合度为0.661(0.067~0.967),平均期望杂合度为0.716(0.188~0.906),平均多态信息含量为0.668(0.177~0.883).33个微卫星位点中,27个位点多态信息含量都高于0.5,有10个位点(不到1/3)表现为偏离哈代温伯格平衡(P﹤0.05).分离出的多态性位点都具有较高的多态性,可用于后续实验.3.对脊尾白虾近交家系遗传多样性的分析本研究利用上述开发的33个微卫星标记对实验室条件下建立的脊尾白虾近交家系群体进行了遗传多样性分析,结果表明:在3个近交家系4个世代中,共扩增得到72个等位基因,A系、B系和H系分别具有40、53、56个等位基因,其中32个等位基因为各家系所共有.在近交系中,33个微卫星位点多表现为中度多态或低度多态.近交系总群体平均等位基因数为2.758个,平均杂合度为0.294,平均多态信息含量为0.272,都远远小于江苏野生脊尾白虾的数据.3个近交家系间的基因分化系数为0.118,表明3个家系已经呈现分化趋势,各自形成独立家系.33个微卫星位点中,除表现无效的微卫星位点外,有2个(EC13、EC15)微卫星位点在3个家系中均表现单一性,发现各家系潜在标志位点:A系,2个(EC16、EC18),B系,4个(EC11、EC12、EC21、EC30),H系,1个(EC19),潜在标志位点可用来区分不同近交系.在世代基因纯合率的检验中,发现脊尾白虾近交系基因纯合率虽然中间略有下降,但总体呈现快速上升趋势,至F9时,平均基因纯合率已达到77.59%,表明脊尾白虾近交系已达到一定的近交程度.3个近交家系中,A系和B系的遗传距离最近(0.178),A系和H系的遗传距离最远(0.352),聚类分析表明A系和B系先聚为一支,再与H系聚在一起,这与脊尾白虾近交家系的分化过程一致.
- 作者：
- 王日芳
- 学位授予单位：
- 上海海洋大学
- 专业名称：
- 临床兽医学
- 授予学位：
- 硕士
- 学位年度：
- 2016年
- 导师姓名：
- 李健
- 中图分类号：
- S917.4
- 关键词：
- 脊尾白虾；微卫星标记；近交系；引物筛选；遗传多样性
- Exopalaemon carinicauda; microsatellite markers; inbred lines; primer screening; genetic diversity;