合作猪Nramp1基因和γ-IFN基因多态性分析
Polymorphisms of the Gene Nramp1 and γ-IFN in Hezuo Pig
本文以合作猪为研究对象,采用PCR-SSCP方法对合作猪Nramp1基因(外显子2和内含子6)和γ-IFN基因(所有外显子)进行单核苷酸多态性分析,旨在获取相应的分子遗传学信息,明确合作猪Nramp1基因和γ-IFN基因的遗传特性,为合作猪抗病性状的分子标记提供基础性资料.研究结果发现,在合作猪Nramp1基因的外显子2和内含子6,以及γ-IFN基因的外显子4共三个座位上存在多态性.对存在多态性的三个座位分别进行克隆和测序,测序结果显示,在Nramp1基因外显子2有两处碱基突变即:第62位的T→C和第92位的A→G,但未引起氨基酸变化,为沉默突变,形成A、B两个等位基因,检测到AA、AB和BB三种基因型,等位基因A的频率为0.6519,为优势等位基因.在Nramp1基因内含子6发现十个新的核苷酸多态位点,分别为第99位的C→T突变、第105位的A→G突变、第190位的C→A突变、第225位的C→T突变、第298位的T→G突变、第304位的C→T突变、第306位的T→C突变、第307位的C→T突变、第313位的C→T突变、并在第295-296位发现一个插入:AA型和CC型-→T、BB型-→G,共检测到AA、AB、BB、CC和AC五种基因型,等位基因B的频率为0.4518,为优势等位基因.在γ-IFN基因外显子4发现五个核苷酸多态位点,其中第5284位的A→G、5341位的G→A、5371位的A→G为新发现突变位点,但未引起氨基酸变化,而5301位的G→A和5330位的T→C突变导致翻译产生的氨基酸分别由丝氨酸突变为天冬氨酸(Ser/Asn)和酪氨酸突变为组氨酸(Tyr/His),检测到AA、AB、AC和AD四种基因型,等位基因A频率为0.9294,为优势等位基因.通过多态信息含量(PIC)统计,Nramp1基因外显子2位点PIC为0.3509(0.5>PIC>0.25),处于中度多态;Nramp1基因内含子6位点PIC为0.5373(PIC>0.5),说明该位点处于高度多态;γ-IFN基因外显子4位点PIC为0.0697(PIC<0.25),说明该位点处于低度多态.经χ2适合性检验,Nramp1基因外显子2位点χ2值为19.8908(P<0.05),该位点突变没有达到Hardy-Weinberg平衡状态;Nramp1基因内含子6位点χ2值为0.3172(P>0.05),该位点突变达到Hardy-Weinberg平衡状态;γ-IFN基因外显子4位点χ2值为0.1749(P>0.05),该位点突变达到Hardy-Weinberg平衡状态.
- 作者：
- 李娟娟
- 学位授予单位：
- 甘肃农业大学
- 专业名称：
- 临床兽医学
- 授予学位：
- 硕士
- 学位年度：
- 2010年
- 导师姓名：
- 马小军
- 中图分类号：
- S828
- 关键词：
- Nramp1基因；γ-IFN基因；PCR-SSCP；多态性；合作猪
- Nramp1 gene；γ-IFN gene；PCR-SSCP；Polymorphism；Hezuo pig