2007年和2008年10~12月腹泻患儿轮状病毒基因型研究
Genotypes of Rotaviruses from Infants with Diarrhea in Kunming City from October to December in 2007 and 2008
目的研究2007年10~12月及2008年10~12月96例腹泻患儿轮状病毒感染的分子流行病学特征.方法收集2007年10~12月及2008年10~12月在昆明医学院第一附属医院儿科住院的腹泻患儿的粪便标本96份(其中2007年有46份,2008年有50份),用"胶体金法"检测A群轮状病毒(RV)抗原,对轮状病毒阳性标本用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)分别扩增VP7和VP4基因,对RT-PCP阳性标本再进一步用巢式聚合酶链反应(net-PCR)做型别鉴定;随机挑选出2007年6份和2008年6份VP7阳性标本通过RT-PCR扩增NSP4基因,并进行测序,测序结果应用DNAassist、Clustal-mp和MEGA 4.0软件进行序列分析.结果(1)2007年46份粪便标本中,29份检出RV阳性,阳性率为63%;2008年50份粪便标本中,31份检出RV阳性,阳性率为62%.(2)2007年29份阳性标本中有26份经RT-PCR扩增出VP7和VP4全长基因,net-PCR分型显示:VP7分型(G型)为G1型11例(42.3%),G2型9例(34.6%),G3型3例(11.5%),G1+G2混合型3例(11.5%),未发现其他型;VP4分型(P型)为P[8]型16例(61.5%),P[4]型10例(38.5%),未发现其他型:G和P组合型为G1P[8]11例(42.3%),G2P[4]9例(34.6%),G3P[8]3例(11.5%),G1G2P[8]2例(7.7%),G1G2P[4]1例(3.8%);2008年31份阳性标本中有29份经RT-PCR扩增出VP7和VP4全长基因,net-PCR分型显示:VP7分型(G型)为G1型12例(41.4%),G3型10例(34.5%),G1+G3混合型4例(13.8%),G2型3例(10.3%),未发现其他型;VP4分型(P型)为P[8]型25例(86.2%),P[4]型4例(13.8%),未发现其他型;G和P组合型为G1P[8]11例(37.9%),G3P[8]10例(34.5%),G1G3P[8]4例(13.8%),G2P[4]3例(10.3%),G1P[4]1例(3.4%).(3)选取的2007年6份和2008年6份VP7阳性标本均可以扩增出NSP4的全长片段,测序结果显示:2007年6份样本中有5株属于Wa株,1株属于KUN株;2008年6份样本中也有5株属于Wa株,1株属于KUN株.10株Wa株与来自GenBank Database的4株人RV(Wa、KUN、AU-1、Hochi)和3株动物RV(EW、OSU、SAll)同源性分别为96.3%、85.3%、84.7%、95.1%和57.7%、92%、82.8%,与中国北京、上海、广州的流行株同源性均在95%以上.2株KUN株与以上来自GenBank Database的标准株的同源性分别为85.3%、98.2%、82.8%、85.9%、60.1%、85.3%、94.3%,和其他地区流行株的同源性为85%左右.结论昆明地区2007年10~12月及2008年10~12月婴幼儿腹泻的主要病原是轮状病毒,基因型均以G1P[8]为主,12个昆明地区轮状病毒株的NSP4基因型属于Wa株和KUN株,以Wa株为主.
- 作者：
- 杨娟
- 学位授予单位：
- 昆明医学院
- 专业名称：
- 儿科学
- 授予学位：
- 硕士
- 学位年度：
- 2010年
- 导师姓名：
- 黄永坤
- 中图分类号：
- R725.1
- 关键词：
- 腹泻；患儿；轮状病毒；基因型
- Diarrhea；Infant；Rotavirus；Genotype