利用分子标记进行8种鲇形目鱼类系统发育的研究
本实验提取了黄颡鱼(Pelteobagrus fulvidraco)、江黄颡鱼(Pelteobagrus vachellii)、光泽黄颡鱼(Pelteobagrus nitidus)、长吻鮠(Leiocassis longirostris)、斑鳠(Mystus guttatus)、革胡子鲇(Clariasgariepinus)、鲇鱼(Silurus asotus)、斑点叉尾鮰(Ictalurus punctatus)8种鲇形目(Siluriformes)鱼类的总DNA，通过分析Genbank中其他鱼类核糖体DNA和线粒体DNA序列的保守性，设计了扩增鲇形目鱼类18S、ITS、D-loop和12S基因的引物，经克隆测序获得了8种实验鱼18S、ITS、D-loop和12S基因的序列，并对测定的序列进行拼接和网上同源性检测，确定序列的边界及长度。
结合GenB ank中双须缺鳍鲇(Kryptopterus bicirrhis)、脂鳍胡鲇(Dinotopterus cunningtoni)、长臀鮠(Cranoglanis bouderius)和牛头鮰(Liobagrus obesus)的同源序列进行比较分析，得到如下数据：8种实验鱼和参考物种双须缺鳍鲇、脂鳍胡鲇的18S序列长度为1814-1843 bp，同源性达97％以上；ITS1-5.8S-ITS2序列长度为757-1231 bp，同源性为43.43-93.51％，江黄颡鱼与长吻鮠的同源性最高，黄颡鱼与脂鳍胡鲇的同源性最低；8种实验鱼和参考物种长臀鮠和牛头鮰的D-loop序列长度为878-1092bp，同源性为65.01-94.83％，光泽黄颡鱼和长吻鮠的同源性最高，革胡子鲇和牛头鲴的同源性最低；12S序列长度为947-956bp，同源性为87.05-97.48％，光泽黄颡鱼和长吻鮠的同源性最高，斑点叉尾鮰和牛头鮰的同源性最低。
以鲤鱼(Cyprinus carpio)的同源序列为外群，采用邻接法构建系统发育树，通过对4个基因的系统树进行综合分析，得出以下结论：ITS、D-Ioop和12S都适合探讨鲇形目科以下水平的系统发育关系，18S和ITS适合探讨鲇形目科间系统发育关系。在本文涉及的鲿科鱼类中，长吻鮠、光泽黄颡鱼、江黄颡鱼三者关系最近，三者与黄颡鱼关系较远，与斑鳠关系最远。在本研究涉及的几个科中，胡子鲇科与鲇科亲缘关系很近，两者与鲿科关系较远，这三科与鲴科、长臀鮠科关系最远，鮰科和长臀鮠科关系很近。胡鲇科中胡鲇属和脂鳍胡鲇属是关系很近的两个属。
- 作者：
- 杨光
- 学位授予单位：
- 上海海洋大学
- 专业名称：
- 水产养殖
- 授予学位：
- 硕士
- 学位年度：
- 2010年
- 导师姓名：
- 徐跑
- 中图分类号：
- Q959.483