东北太平洋多金属结核区深海沉积物细菌多样性研究
本研究探索了太平洋多金属结核区沉积物总DNA的有效提取方法，并对DNA提取试剂盒进行了优化，最终采用两种方法分别提取了四个站位不同层次样品的总DNA。 结果表明：环境总DNA量随深度的增加而递减，与细菌生物量随深度的变化规律相吻合。采用克隆测序法（Clone-Sequencing method）研究结核区四个站位的细菌多样性。构建了四个16S rRNA基因克隆文库，随机挑选克隆送测，去除嵌合体后，WS0505、ES0502、E2005-01和EP2005-03四个站可用序列数分别为：65、76、67、164个。以细菌门为单位在各站分别构建系统发育树。结果显示结核区深海沉积物中含有丰富的细菌多样性。WS0505、ES0502、E2005-01和EP2005-03四站沉积物分别涵盖了6、7、6、10个门的细菌，另外还有一定比例的未定种。变形菌门（Proteobacteria）（包括Alpha、Beta、Gamma、Delta纲），酸杆菌门（Acidobacteria）、放线菌门（Actinobacteria）、拟杆菌门（Bacteroidetes）和芽单胞菌门（Gemmatimonadetes）为四个站共有细菌门。隶属于Alpha和Gamma 变形杆菌的细菌在各站细菌中占据优势。ES0502a3、ES0502a7和ES0502a22同时出现在四个站，且占据一定的比例，其中ES0502a7可能与某些重金属代谢有关；ES0502、WS0505和EP2005-03三站含有十分相似的细菌物种，除四站共有的细菌外，ES0502a5、 ES0502a14、ES0502a27、ES0502b20、ES0502b24、ES0502b25和ES050c23为此三站共有菌种。其中ES0502a14、ES0502b20、ES0502b24、ES0502b25和ES0502c23尚未出现在其它环境的报导中，它们可能代表了结核区底质环境的特殊菌种。芽单胞菌门(Gemmatimonadetes)是一新近发现的细菌门，本研究的四个站均有芽单胞菌门细菌出现，主要分布在0～6 cm沉积物中。克隆测序法为结核区沉积物微生物多样性研究提供了海量的信息，是有效的微生物研究手段。
- 作者：
- 徐宏翔
- 学位授予单位：
- 国家海洋局第二海洋研究所
- 专业名称：
- 海洋生物
- 授予学位：
- 硕士
- 学位年度：
- 2007年
- 导师姓名：
- 王春生
- 中图分类号：
- Q178.53
- 关键词：
- 东北太平洋；金属结核区；深海沉积物；克隆测序法；细菌多样性
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